La historia de la Unidad de Escuelas Incorporadas se remonta al año de 1988, teniendo su origen en lo que fue la Dirección de Registro y Certificación bajo la administración del Prof. Francisco Quinto Salinas, quien comisionó a los licenciados Eladio Molina Monroy e Isidro García para realizar una investigación en la Secretaría de Educación Pública acerca de los trámites necesarios para poder otorgar los permisos de incorporación. En el año de 1990 bajo la dirección del Maestro César Bernal Mercado y brindando atención en las instalaciones del Centro Escolar “Rosaura Zapata”, se creó el Departamento de Escuelas Particulares, en el cual se otorgaba el Registro de Validación Oficial (REVOE) para que los particulares interesados pudieran ofertar servicios de Educación Básica, Media Superior y Superior; todo ello se llevaba a cabo en las instalaciones de esta Unidad Administrativa ubicada en ese entonces, en la Avenida José Vicente Villada, de esta ciudad capital.
En el periodo que abarca de 1993 a 1998 sucedieron al Mtro. Bernal Mercado en el cargo de titular de este Departamento los siguientes profesores (as):
- Profr. Pedro Arturo Mejía Lara (1993-1994)
- Profra. Martha Sonia García Valencia (1994-1995)
- Profra. Yolanda Moreno Vieyra (1995-1998)
En el año de 1999 se trasladaron las oficinas a la esquina que conforman las calles Ignacio López Rayón y Valentín Gómez Farías; para este momento los niveles de Educación Media Superior y Superior ya estaban separados de Educación Básica y atendiéndose sólo los niveles de Preescolar, Primaria, Secundaria y Normal. Es en el año 2000, cuando las oficinas fueron ubicadas en su domicilio actual, siendo titular el Prof. Vicente Martínez Toriz.
En el año 2004 desapareció el Registro de Validación Oficial (REVOE) y se implementa el Programa de Incorporación Gradual (PIG), dando paso a la “Autorización de Incorporación” que posteriormente, y con base en el Periódico Oficial “Gaceta del Gobierno” de fecha 3 de agosto de 2007, se convirtió en Acuerdo de Incorporación.
Posterior a la administración del Prof. Vicente Martínez Toriz, estuvieron al frente del Departamento de Escuelas Particulares los siguientes titulares:
- Profra. Ana Lilia Guadarrama Becerril (2001-2004)
- Profra. María Eugenia Hernández Tapia (2003-2004)
- Profra. Elisa Estrada Hernández (2004-2007)
- Lic. Adolfo Martínez Rocha (2007-2010)
A mediados del año 2010, el Lic. Adolfo Martínez Rocha sede la estafeta al Prof. Javier Balderas Hinojosa, en cuya administración y por disposición oficial en el 2011, se modificó la codificación de las Unidades Administrativas de las Dependencias y Organismos Auxiliares de la Administración Pública Estatal, asignando a los Departamentos Centrales el rango de Subdirección, por lo que el Departamento de Escuelas Incorporadas se convirtió en la Subdirección de Escuelas Incorporadas, quedando bajo la responsabilidad del Mtro. Miguel Ángel Martínez Sánchez, a partir del 14 de febrero del año 2013 y hasta el 15 de mayo del 2015; del 16 de mayo al 31 de agosto de 2016 la Subdirección estuvo a cargo del Mtro. Arturo Hernández Hernández; del 16 de septiembre de 2016 al 15 de enero de 2022 fungió como titular el Mtro. Francisco Javier Gallardo López, periodo durante el cual se realizó la reestructuración en la Secretaría de Educación y se determinó que se denomine Unidad de Escuelas Incorporadas.
En su denominación como Unidad de Escuelas Incorporadas, estuvo al frente el Mtro. José Guilmar Solorio Salgado, como suplente del Jefe de Unidad, del 16 de enero al 15 de febrero de 2022; a partir de esa fecha se incorporó como responsable de esta unidad administrativa el Lic. Edgar Nathanael Orozco Villegas; actualmente la titular de la Unidad de Escuelas Incorporadas es la Lic. María del Pilar Juárez Miranda.